2013년 3월 13일 저녁, 베르골리오는 제266대 교종으로 선출되었고, 교종으로 호칭될 새 이름으로 아시시의 성인 프란치스코를 따라 프란치스코로 정했다. 그는 교회 역사상 프란치스코라는 이름을 가진 첫 번째 교종이며, 예수회 출신 첫 번째 교종, 그리고 남아메리카 출신으로 최초의 교종이 되었다.

“나는 교종으로 선출된 뒤에 곧바로 아시시의 프란치스코가 생각났습니다. 프란치스코는 평화의 사람으로서 하느님의 창조물을 사랑하고 보호하는 사람이며 가난한 사람이었습니다. 아, 저는 진실로 가난한 교회, 가난한 이들을 위한 교회를 바랍니다.”